A SEAT Cordoba az Ibiza műszaki alapjaira épült, de annál hosszabb karosszériát és hagyományos lépcsőshátú kialakítást kapott. A modell azoknak készült, akik egy viszonylag kompakt autóban szerettek volna nagyobb csomagteret és négyajtós kialakítást. A csomagtartó 455 literes befogadóképessége ebben a kategóriában kifejezetten jó értéknek számított.
Az első generáció 1999-ben kapott jelentősebb modellfrissítést. Megújult az orr-rész, átdolgozták a lökhárítókat és a lámpákat, valamint a belső tér és a futómű is módosult. A frissítés több mint hatezer változtatást hozott az elődhöz képest. A motorválaszték az egyszerűbb benzinesektől az 1,9 literes TDI dízelekig terjedt, a kínálat csúcsán pedig az 1,8 literes turbómotorral szerelt Cupra változat állt.
A Cordoba 2002-ig maradt gyártásban ebben a generációban. Nem sportmodellként vagy különleges technikai megoldásaival vált emlékezetessé, hanem praktikus, megfizethető családi autóként, amely a Volkswagen-csoport technikáját SEAT-os formában kínálta
